התוכנית הבין-אוניברסיטאית ללימודי אפריקה היא תוכנית לתואר ראשון (במסלול דו-חוגי) שנפתחה לראשונה בישראל בשנת הלימודים תשע"א (2010) בעידודה של הקרן לקידום מדעי הרוח ובמימון יד הנדיב וות"ת.
התוכנית משותפת לאוניברסיטת בן-גוריון בנגב, והאוניברסיטה הפתוחה. אוניברסיטת בן-גוריון בנגב משמשת כמרכז המנהלי של התוכנית.
סטודנט הרשום לתוכנית יכול ללמוד קורסים בנושאי אפריקה הן באוניברסיטה בה הוא רשום והן באוניברסיטאות האחרות השותפות לתוכנית. שיתוף הפעולה בין מוסדות הלימוד מרחיב את האפשרויות ומעשיר את תוכנית הלימודים.
הקורסים בתוכנית עוסקים ביבשת אפריקה לאורך תקופות שונות בהיסטוריה ומהיבטים שונים (היסטוריים, פוליטיים, גיאוגרפיים, תרבותיים דתיים ועוד).
לבוגרי התוכנית מוענק התואר: "בוגר בלימודי אפריקה בתוכנית הבין-אוניברסיטאית", אותו מקבל כל סטודנט באוניברסיטת האם שלו.